La diferencia como bien te han dicho parte principalmente del viñedo, pero en

La diferencia como bien te han dicho parte principalmente del viñedo, pero en elaboración también hay diferencias.
Nosotros elaboramos un vino procedente de agricultura ecológica (no existe el vino ecológico)y hay ciertas normas que hay que cumplir. No puedes superar cierto nivel de sulfuroso, no debes (aunque puedes si el año te obliga) añadir levaduras no autóctonas, no se pueden añadir taninos no procedentes de uva, sólo puedes limpiar y desinfectar mangueras y depósitos con ciertos productos, si haces crianza debe ser en barrica nueva o que haya tenido anteriormente vino procedente de agricultura ecológica, etc...
La normativa no es complicada de seguir, ya que es bastante lógica.

La diferencia que puede haber es que para elaborar un vino procedente de agricultura ecológica, se eligen las uvas con más grado probable, con más acidez y las más tánicas, ya que al limitar la adición de sulfuroso, el vino tiene que tener unas características naturales que le protejan del paso del tiempo.